مقایسه روش‌های مختلف استخراج RNA در برگ سیب (Malus domestica)

سابقه و هدف: جداسازی RNA از گیاهانی که دارای مقدار زیادی ترکیبات پلی‌ساکارید و پلی‌فنل می‌باشند به علت اتصال و رسوب این ترکیبات با RNA  مشکل است. بنابراین در این مطالعه 11 پروتکل مختلف استخراجRNA  از برگ‌های سیب  غنی از ترکیبات فنلی مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش ها: کیفیت و کمیت  RNAبا الکتروفورز ژل آگارز 1.2% و اسپکتروفتومتری نانودراپ در طول موج 230، 260 و 280 نانومتر تعیین شد و سنتز cDNA و آنالیز RT-PCR  با پرایمر اختصاصی ژن اکتین سیب انجام گرفت. یافته­ ها: نتایج نشان داد که روش استخراج جمی‌چات‌چائو و همکاران (2012) و راجاکانی و همکاران (2013) مناسب‌ترین روش‌های استخراجRNA  از برگ سیب بودند. عملکرد RNA کل استخراج شده در این روش‌ها به ترتیب بین 152.4 تا 800.2 و 362.1 تا 452.6 نانوگرم در میکرولیتر به دست آمد. باندهای S18 و S28 در الکتروفورز افقی مشاهده شدند. بحث:  در هر دو روش نسبت 260 به 280 و 260 به 230 به ترتیب بین 1.99 تا 2.03 و 2.07 تا 2.17 بود که نشان دهنده خلوص بالایRNA  و عدم آلودگی به پلی‌فنلی، پروتئینی و پلی‌ساکاریدی می‌باشد. نتیجه‌گیری: کیفیت بالای واکنش RT-PCR در هر دو روش نشان داد که RNA استخراج شده می‌تواند با اطمینان جهت آزمایش‌های مولکولی پائین دستی مورد استفاده قرار گیرد.